Håkon var sin fars annen uekte sønn.
På senvinteren 1202 lå kong Sverre dødssyk i Bergen. Baglerkongen Inge Magnusson satt på Opplandene, og hans flokk behersket ellers hele kystlandet fra Stadt til innløpet av Trondheimsfjorden. Kong Sverre og hans hjelpere var i kirkens bann, og alle bispene i landflyktighet. Det var ikke tegn til løsning av de gamle stridsspørsmålene.
På sitt dødsleie var Sverre opptatt av de problemer og nye muligheter sønnen Håkon ville stå overfor etter hans egen bortgang. Håkon var ikke så sterkt personlig kompromittert i kirkens øyne som faren. Derfor ville han ha en bedre mulighet til å splitte bispene og baglerkongen. Dette så Sverre, og lot skrive et brev til Håkon i Trondheim, hvor han rådet sønnen til å forlike seg med bispene, Sverre forutså også at Håkon her kunne støte på motstand i egen leir, innen birkebein-partiet. Motstand fra bispefiendtlige kretser i Trøndelag var trolig mest aktuelt. Sverre traff tiltak også mot dette. Brevet hvor han rådet til kirkeforlik lot han lese opp for hirden, så det skulle være helt klart at han selv gikk inn for dette. Sverre tok også mennene sine til vitne på at han ingen annen levende sønn hadde enn Håkon, et klart tiltak mot mulige konkurrerende kongsemner som kunne bli reist innen birkebeinkretsen. Baglerne kunne neppe tenkes å finne et brukbart kongsemne i en sønn av den forhatte Sverre.
Etter farens død 09.03.1202 ble Håkon hyldet av Birkebeinerne og tatt til konge over Norge på Øreting. I Sverres tid hadde endel biskoper gått i landflyktighet. Nå kalte Håkon bispene hjem og innledet forliksforhandlinger. Bispene var øyensynlig ivrige nok etter å vende tilbake til ombudene fra landsflyktigheten.
Resultatet av tautrekkingen mellom partene går tilstrekkelig klart fram av et brev som Håkon alene lot utstede om det forliket som kom i stand. Brevet viser at Håkon gjør seg stor møye med å rettferdiggjøre at han går til forlik:
«Mer strev og vansker og harmelig strid har ligget på oss og landet vårt i lang tid enn det hadde vært nødvendig, med bedre lykke. Og det er dessverre så at man kan si dette landet er kommet enden nær, hvis Gud ikke med sin hellige miskunn snart lar bedringen komme. For nå er nesten alle de døde, som hadde omsorg for landet og landslovene og elsket Gud og den hellige kirken. Men de lever etter som bare legger seg etter umåtehold og ondskap, avind og illvilje, og som alltid fremmer all uråd. Nå frykter verken lærde eller ulærde for Gud eller gode menn, men hver lever som han lyster i lovløshet, for loven foraktes og ran råder, useder vokser og seder tynes, kvinner blir skjemmet med skammelig leiermål, kirker blir oppbrutt, og nå er all kristendom kommet til randen av fall, hvis ikke Gud og gode menn vil sørge for bedring.»
Biskopene hadde en gavnlig innflytelse på folkemoralen. Baglerpartiet var nesten oppløst og den gamle strid var i ferd med å ta slutt.
Allerede i 1204 døde imidlertid Håkon plutselig i Bergen, etter sigende forgiftet av sin stemor Margrethe Eriksdotter. Alt folket sørget over ham.
Håkon Sverresson var ikke gift, men han hadde en sønn med Inga av Varteig som ble født etter hans død, den senere kong Håkon Håkonsson. For å fjerne all tvil om kong Håkon Håkonssons herkomst, lot kongen og hans menn Inga kongsmor bære jernbyrd i Bergen sommeren 1218
Ca 1180 - 1204 (24 år)
